Что означает MouseEvent.MOUSE_OVER?

[Zebestov]

Все верно:

- square и square2 реагируют на действия мыши
- события мыши всплывающие

Вот и выходит, что у container "тела" как такового нет и он вообще мышь не ловит — нечем!
В свою очередь square и square2 реагируют на мышь, а container лишь ловит события от обоих.

Если тебе нужно, чтобы sqare2 не реагировал на мышь:

square2.mouseEnabled = false;