Оптимизация взаимодействия с БД

[Psycho Tiger]

Например, в базе у вас хранится несколько миллионов молекул белков (расписаных как последовательности аминокислот), заводить на каждый белок по классу?

А как они в базе представлены? Отображение запись в БД <-> объект в языке можно сделать всегда.

Я уже хорошо понял, чем ПДО от ОРМа отличается, не стоит повторять. Но вот примеры... Часто ли приходится на пхп решать задачи о белках или задачи, в которых полученные с таблиц данные противопоказано вязать с моделями?

Да, ОРМ вполне себе может быть без адаптеров к базам данных. Но мне доводилось использовать только те, которые были с ним.