Я перед тем как создать тему, попробовал несколько вариантов, но ни один из них не прокатил.
Таблицей было более менее, кроме оперы и ie, возможно из-за доктайпа, но т.к. мне потом предстоят небольшие манипуляции с футером из ява-скрипта очень желательно сверстать дивами. В принципе, всегда остается вариант сверстать фреймами, но теперь уже надо побороть этот случай : )
В приложении флешка с версткой, может у кого-то получится, чтобы контент и футер были на экране без полосы прокрутки.
Вот вариант, который работает без вставленного флеша и не работает со вставленным. Также пробовал вариант с абсолютным расположением футера и с отрицательным margin. Возможно, не получилось из-за кривых рук.

PHP код:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" lang="ru">
<head>
<title>Test</title>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
<style type="text/css" media="screen">
html, body {height:100%, width: 100%}
body { margin:0; padding:0;}
#contentHolder {
min-height: 100%;
height: auto !important;
height: 100%;
margin: 0 auto -40px;
}
#myContent {
height: 100%;
}
#myAlternativeContent { }
.footer, .push {height: 40px;}
</style>
<script type="text/javascript" src="swfobject.js"></script>
<script type="text/javascript">
swfobject.embedSWF("Test.swf", "myContent", "100%", "100%", "10.0.0", "expressInstall.swf");
</script>
</head>
<body>
<div id="contentHolder">
<div id="myContent">
<div id="myAlternativeContent">
<h1>Alternative content!</h1>
</div>
</div>
<div class="push"></div>
</div>
<div class="footer">FOOTER</div>
</body>
</html>