ты же создаешь мувики в одни и те же индексы.
сначала ты создавал пузырьки в индексы 1-250, а затем ты при ведении мышкой опять пишешь какой-то эффект в те же индексы вместо пузырьков.
Замени коды на:

Код:
_root.maxobject = 250;
for (counter = 1; counter < _root.maxobject; counter++)
{
duplicateMovieClip("/round", "round" + counter, counter);
_root["round"+counter]._x = 5 + Math.random()*995;
_root["round"+counter]._y = 900 + Math.random()*50;
scale = 50 + Math.random()*50 + 10;
_root["round"+counter]._xscale = scale;
_root["round"+counter]._yscale = scale;
}

Код:
for (counter = 1; counter < _root.maxobject; counter++)
{
_root["round"+counter]._x += Math.random()*7 - 3;
_root["round"+counter]._y -= (_root["round"+counter]._xscale-20)/7-1;
if (_root["round"+counter]._y < 600)
{
_root["round"+counter]._x = 5 + Math.random()*995;
_root["round"+counter]._y = 900 + Math.random()*50;
scale = 50 + Math.random()*50 + 10;
_root["round"+counter]._xscale = scale;
_root["round"+counter]._yscale = scale;
}
}

Код:
gotoAndPlay(_currentframe - 1);

Код:
onClipEvent (mouseMove)
{
n++;
if (n == 5)
{
i++;
duplicateMovieClip(_root.effect, "eff"+i, _root.maxobject + i);
_root["eff"+i]._x = _root._xmouse;
_root["eff"+i]._y = _root._ymouse;
n=0;
}
}