Какая версия PB? Компилируете для flash? Насчет "галочек", лично я не понял: в версии 2.5, лишь в Preferences можно "открыжить" alpha blending и attempt to fix input image channel mismatch. Пробовали воспользоваться
этими рекомендациями? Не исключено, что файл сохраняется, но не в ту папку, что Вы ожидаете - сделайте поиск по диску ".pbj"
Попробуйте Вашу дискретную карту отключить, переустановить и запустить PB. потом включите. Совершенно загадочные поведение РВ, и "шаманство" должно быть неординарным
