не тестил но должно на мой взгляд работать

Код AS3:
private function swapObjects(): void
{
//----------------------------------------------------------------------
var mc1: MovieClip; //заменить на ваш первый MovieClip
var mc2: MovieClip; //заменить на ваш второй MovieClip
var mcTemp: MovieClip;
//----------------------------------------------------------------------
mcTemp = new copyObject(mc2);
mc2 = new copyObject(mc1);
mc1 = new copyObject(mcTemp);
//----------------------------------------------------------------------
}
private function copyObject(objectToCopy: *): *
{
//----------------------------------------------------------------------
var stream: ByteArray = new ByteArray();
stream.writeObject(objectToCopy);
stream.position = 0;
return stream.readObject();
//----------------------------------------------------------------------
}