2D menu в 3D Scene.

[S-ed]

Контроллер - класс который создает интерфейс, мир, и время.
Да, в молехилл 3д само по себе, и рисуется позади 2д.

// Естественно это делается в классе 2dMenu
addeventListner(MouseEvent.onMouseclick, anim);
private function anim(e:Event):void
{
.....
// Анимация объекта
}

Подход неверен (как вы будете поддерживать анимацию?). Используйте время. В том или ином виде.
Как пример, пусть это будет таймер, который будет диспатчить сообщения о том что идет анимация, объекты будут слушать эвент и перемещаться.