Где вы храните большие списки свойств и настроек?

[expl]

По-факту, это все те же бинарники, часть данных из которых куда-то отваливается. Вот AMF мне интересен, есть где-то пример работы с ним?

Вообще XML и JSON считались всегда текстовыми форматами O_o
...если проблема в бинарных данных, то почему нельзя посмотреть что там за особые символы в текст попадают? Что с кодировкой?

AMF-3 - это стандартный формат сериализации flashplayer, бинарный. Может хранить массивы байт, текст, числа (кодируются негуманоиднее других типов), поддерживает циклические ссылки между сериализуемыми объектами и т.п.

Флешплеером читается/пишется нативно (Банальные методы ByteArray::writeObject и ByteArray::readObject используют AMF-3)
Для PHP есть библиотеки
новая спецификация - читать если решитесь править баги в PHP-либе, а так - не надо.

С AMF-3 можно сериализовывать/дисереализовывать _типизированные_ объекты при помощи registerClassAlias(), а можно не заморачиваться и использовать динамику (особенно если есть взаимодействие с PHP)

Т.е. если хотите попробовать AMF для конфига:

• Пишете редактор на AIR, который создаёт оъект динамический с нужными параметрами.
  Редактор сохраняет этот оббъект в ByteArray, сохраняет ByteArray в файл.
• Флешкой грузите этот файл как бинарный и читаете Object из ByteArray.

Для набора простых параметров делать редактор - дико, но можете попробовать.
Для начала не стоит делать функции редактирования - просто кодом создайте объект - посмотрите, его то хоть удастся загрузить.