[mooncar]

Просто это доигрывают предыдущие твины.

Вы их объявляете как локальные переменные, они и живут, и накладываются. Убираем var, и "засовываем" экземпляры tween'ов прямо в obj, как свойство (в принципе без разницы куда, но так удобнее, когда объектов много и легче потом обращаться будет).

Останавливаем и затираем предыдущий твин новым под тем же именем, не давая тем самым предыдущему доиграть.
Вот так:

import mx.transitions.Tween;
import mx.transitions.easing.*;
onMouseDown = function () 
{
	var distance:Number = Math.sqrt(((_root.obj._x - _root._xmouse) * (_root.obj._x - _root._xmouse)) +( (_root.obj._y - _root._ymouse) * (_root.obj._y - _root._ymouse)));
	var time:Number = distance/100;
 
	obj.tweenX.stop();
	obj.tweenY.stop();
	obj.tweenX = new Tween(_root.obj, "_x", None.easeNone, _root.obj._x, _root._xmouse, time, true);
	obj.tweenY = new Tween(_root.obj, "_y", None.easeNone, _root.obj._y, _root._ymouse, time, true);
};

К слову сказать, если использовать не стандартный Tween, а TweenLite от greensock, то там это делается автоматом.
Бросайте сразу адобовский, он менее удобен и менее производителен.