Блин, как-то сложно у тебя все
FLASH -> MOV -> AVI....
Однако, проблему перегона в AVIшник флэш-ролика c кучей программинга и вложенными мувиками я в свое время решил так -
Взял смешную программку HyperCam, и заграбал в AVIшку без сжатия окно player'a с нужным frame rate'ом. Опосля чего, загнал нежатое видео в Adobe AfterEffects, поизвращался нужным образом и пережал Cinepack'ом.