По первому. Бадж можно найти флексовский с лоадером и всем остальным. Даже не писать, взять у кого-нибудь.
2. Вот с издателем и с сертификатами - это да. Нужно посмотреть вот здесь (ковыряние в конфигах не поможет):
линк
Вроде где-то читал, что ebayевский недорогой. А там - хз.
3 пункт. У тебя профили приложения какие? У меня такая проблема наблюдалась при сборке, в которую включен параметр Extended desktop. Собираю под desktop - все нормально. И такая проблема кстати не только с exe. При апдейте приложения (через апдейтер, соответственно) - вылезает такое же сообщение, если в профиль добавлен extended desktop.
4. Вот с этим я бился очень долго и ничего не помогло. Хать в лоб, хать по лбу. Если собираешь во флексе - нормально, все локализуется. Flash IDE (в моем случае) - хоть ты тресни. Английский и все. На адобовском форуме тоже не помогли (ссылка:
http://forums.adobe.com/thread/853126?)
5. Все нормально, антивирус на апдейт не ругается (тестил на разных).