Оптимизация взаимодействия с БД

[Fartoviy_Spec]

Мир всем. Создаю приложение, которое выполняет ряд операций с данными, поступающими из БД MySql через PHP скрипт в качестве одного XML файла. Дело в том, что в БД уже 2500 строк и когда я в цикле из 2500 итераций произвожу действия, то происходит ошибка, типо превышено время выполнения. Соответственно данных в БД будет становиться все больше и больше.

Подскажите как можно решить данную проблему, чтобы можно было работать с большой БД.