Да... распределённые базы - это нелегко. Тогда может имеет смысл вообще сделать отдельную таблицу для полнотекстового поиска - и в неё складывать
- текст, в котором производится поиск
- ссылку на исходную таблицу
- идентификатор в исходной таблице
И, соответственно, при обновлении данных дублировать изменения в этой таблице. Геморно, конечно, а как на MySQL делать распределённые транзакции - вообще ума не приложу - но зато снизится нагрузка на SQL-сервер и получится делать поиск более-менее стандартизованным способом.