все настройки в самом файле проекта (это обычный XML), но можно туда и не лазить, все доступно из самой программы
если вопрос об отличии между IDE-шным проектом и mxmlc-шным, то это галка 'no output...' - выходной swf не создается, вместо этого запускается CS на компиляцию текущего файла
в поставке FD идут темплеты проектов чуть ли не на все случаи жизни, создай любой и посмотри чем он отличается от соседнего
http://www.flashdevelop.org/wikidocs....php?title=AS3 - описание основных подходов к работе с IDE и flex_sdk