Если флешка опубликована
на странице, то все определяется и в IE.
Вот мой пример:
http://vesta-s.ru/demo/externalinterface/main.htm
Посмотрите в IE и в не-IE браузерах (верхняя строка, на остальное не обращайте внимание).
Видимо, при прямой загрузке в IE флеш не может полноценно работать с JS.