[Wolsh]

В моем случае речь шла об Air-приложении (тебе тоже стоит копать в Air)
В Air после установки приложения автоматически создаются директории, связанные с этим приложением.
Есть "пользовательская" директория в "Моих документах", есть папка в которую установилась программа (но файлы в ней не могут быть изменены) и папка для специальных файлов программы, которые можно перезаписывать — в ней соответственно и размещается config.xml и дополнительные папки для языков и тем.
Пользователь, конечно, "меняет" не в конфиге, ему программа предоставляет интерфейс для настроек, где можно выбрать тему и язык. И тогда да, программа перезаписывает измененный конфиг — на выходе из приложения.
А вот языковые файлы придется менять вручную, открыв например русский и переводя каждую фразу на нужный язык, затем сохранить с новым именем, открыть лежащий в папке языков файл со списком доступных языков и внести в него этот новый язык (чтобы программа могла его предложить пользователю).