[Котяра]

Вредный совет: Скажите пользователю, что принимаете только flv/f4v файлы)))
Пусть сам выкручивается)
Если вы распространяете клиент для своего сервиса можете покопать в сторону ffmpeg. Тогда конвертацию можно будет делать на стороне клиента.