Со SWIFT работал, но смогу ответить только на 4-й вопрос.
При публикации параметр <parametr name="wmode" value="transparent" /> уберет только "собственный" сплошной фон флешки, т.е. тот, который задается в среде разработки. К удалению растрового фона или фона, присущего каким-то объектам ролика, этот параметр, безусловно, никакого отношения не имеет. Решить, что является фоном, а что нет, из всего своего содержимого флеш не умеет.
То есть если фон у вас либо растровая картинка, либо векторный примитив, то и удалять его нужно - в одном случае с помощью того же фотошопа, и импортируя во флеш PNG-шки с прозрачным фоном, либо руками удаляя объекты, связанные с фоном фона.