А URL-rewriting есть механизм создания сессий при отключенных куках.
В твоем случае -- если куки точно включены -- стОит сделать простой финт ушами: создать страницу-редиректор. Она принимает в параметре URL и редиректит на него.
Смысл прикола таков: похоже, что Flash просто забывает отдать куки. Соответственно страница, на которую он посылает, будет рендериться вне контекста сессии.
Но вот страница, на которую ты будешь редиректить, отрендерится уже в контексте сессии, поскольку при редиректе, по идее, куки должны уйти на сервер.