[bifidokk]

Единственное, что приходит в голову, написать JS мост, который просто будет прятать div с плеером. Но как-то не особо мне эта идея нравится

а не нужен JS мост. просто нужна подписка на события открытия диалоговых окон, например, оплаты или добавления друзей. они есть в апи вк

<script type="text/javascript">
			function show_app()
			{
				document.getElementById('flash-app').style.position = 'relative';
				document.getElementById('flash-app').style.top = "0px";
			}
 
			function hide_app()
			{
				document.getElementById('flash-app').style.position = 'absolute';
				document.getElementById('flash-app').style.top = "9000px";
			}			
			VK.init(function() {
				 VK.callMethod("resizeWindow", 1000, 800); 
				 VK.addCallback("onWindowBlur", hide_app);
				 VK.addCallback("onWindowFocus", show_app);				 
			});
 
		</script>