Код:
call adt -package
-keystore ..\cert.p12 -storetype pkcs12
-target bundle
myApp
myApp-app.xml
myApp.swf icons resources
Это нужно написать в одну строку, без переносов. Приложение должно поддерживать профиль extendedDesktop(либо не указывать никаких профилей). Да, и советаю не заморачиваться с bat-файлами, а сделать Ant-файлы для билдов, очень удобная и гибка штука, учитывая что его можно расширять при помощи собственных модулей на Java(например, добавить отправку определенного билда на сервер тестерам + оповещение по e-mail, если нет билд-сервера). Для FlashDevelop есть неплохой плагин, который позволяет запускать цели Ant прямо из IDE, и перенаправляет вывод Ant в Output-панель.
P.S.
Минимально измененный шаблон проекта AIR с добавкой цели bundle:
http://d.pr/f/Qt1Z