[flastar]

Мне вот этот способ нравится:
1) событие мыши, знаем позицию на экране
2) context3d.clear()
3) ставим ножницы context3d.setScissorRectangle(mouseX, mouseY, 1, 1)
4) собираем объекты которые по баунбоксу попадают
5) ставим шейдер, который из константы берет цвет меша (конечно с поддержкой alpha threshold, kil и пр)
6) рисуем все меши с разным цветом
7) делаем ридбек(context3d.drawToBitmapData) в текстурку 1x1 и смотрим что там за цвет

на мобильных платформах ридбек можно делать минимально в 4x4