[nuToH]

2D screen space координатная система вверху слева 0 0. внизу справа +stageWidht, +stageHeight
соотв. для того, чтоб обьект был в центре:
и соотв scale (я не знаю, что у вас за меш, но предполагаю, что квад 1на1)

var modelViewMatrix:Matrix3D = trs(stage.stageWidth/2,stage.stageHeight/2, -45*Math.PI/180, 200, 200 );
var resultMatrix:Matrix3D = new Matrix3D();
 
resultMatrix.prepend(perspectiveProjectionMatrix);//или copyFrom. без разницы
resultMatrix.prepend(modelViewMatrix);