1.Как вы определили, хватает php файлы или нет?
2.В том же help.adobe.com написано, что по умолчанию в массив $_GET (или $_POST) файл FileReference.upload() передает в переменную $_REQUEST['Filedata'], ели вы не задаете его во втором параметре вызова функции unload...
3.Зачем echo - вы все равно не отлавливаете ответ от сервера?
Я использую следующий скрипт (самописный):

PHP код:
$file_name = md5(uniqid(mt_rand(), true)); //Генерируем имя файла
function imageresize ($outfile,$infile,$new_max,$quality) //Функция изменения геометрических размеров картинки
{
$img = getimagesize ($infile);
$w_img = $img[0];
$h_img = $img[1];
$index_img = $w_img/$h_img;
if ($index_img > 1) {$neww = $new_max;
$newh = $new_max/$index_img;}
elseif ($index_img < 1) {$newh = $new_max;
$neww = $new_max*$index_img;}
else {$newh = $new_max;
$newh = $new_max;}
switch($img[2]) {
case 1:
$im = imagecreatefromgif($infile);
break;
case 2:
$im = imagecreatefromjpeg($infile);
break;
default: $im = imagecreatefrompng($infile);
break;}
$im_tmp = imagecreatetruecolor($neww,$newh);
imagecopyresampled($im_tmp,$im,0,0,0,0,$neww,$newh,imagesx($im),imagesy($im));
imagejpeg($im_tmp,$outfile,$quality);
imagedestroy($im);
imagedestroy($im_tmp);
}
$uploaddir_tmp =_IMAGE_TMP_; //Временная папка
$uploaddir = _IMAGE_LOAD_; //папка для хранения картинок
$uploaddir_thm =_IMAGE_LOAD_TMB_; //папка для хранения их уменьшенных изображений "тумбалсов"
$ext = strtolower(array_pop(explode(".", $_FILES['Filedata']['name']))); //Хватаем расширение
$uploadfile_tmp = $uploaddir_tmp .$file_name.".".$ext; //полное имя временного файла"
$uploadfile = $uploaddir .$file_name.".".$ext; //полное имя файла картинки
$uploadfile_thm = $uploaddir_thm .$file_name.".".$ext; //полное имя файла "тумбалса"
if (move_uploaded_file($_FILES['Filedata']['tmp_name'], $uploadfile_tmp)) {
imageresize($uploadfile,$uploadfile_tmp,_IMAGE_MAX_SIZE_,_IMAGE_QUALITY_); //формирование картинки
imageresize($uploadfile_thm,$uploadfile_tmp,_IMAGE_TMB_MAX_SIZE_,_IMAGE_QUALITY_); //формирование "тумбалса"
SaveImage($file_name.".".$ext, $image_mode);
} else {
echo "File uploading failed.\n"; //на всякий пожарный!!! для тестирования из php и перехвата через URLRequest
}