[Idon]

Проблема в том, что есть пересекающие полупрозрачные области, что, конечно, даёт при наложении меньшую прозрачность.

Если есть возможность создать непрозрачную копию элемента, который сверху, то можно сделать так:
Создаём контейнер, где будет храниться результат. Задаём этому контейнеру BlendMode.LAYER
Кладём в этот контейнер последовательно:
1) нижний элемент
2) непрозрачную копию верхнего элемента. Даём ей BlendMode.ERASE
3) верхний элемент.

Таким образом, из нижнего элемента вырезается форма верхнего элемента, а затем на это место накладывается верхний элемент. Получается, что больше объекты не пересекаются, так как из нижнего объекта была вырезана область пересечения.