[samana]

каким образом лучше работать с сценами?

Со сценами лучше не работать, они создают очень много ненужных проблем.

каким образом "ставить" код на кнопки..

Было бы неплохо, создавать для них классы.
Чтобы функция не срабатывала два раза, то не делайте её локальной. То-есть, код в первом кадре должен быть примерно такой:

var id:Number = 9;
 
clip.addEventListener(MouseEvent.CLICK,clicked);
function clicked(e:MouseEvent):void
{
	otherFunc(id);
}
 
function otherFunc(id:*):void
{
	trace(id);
}

По поводу

Не писать код в кадрах. Читать книжки.

Вам верно говорят.