Все работает правильно. Что вы ожидали увидеть?
У нас есть три, скажем, клипа. Они имеют следующие индексы.

Код:
clip_3 : 2
clip_2 : 1
clip_1 : 0
После выполнения строчки:

Код AS3:
setChildIndex(clip_3, 0);
ситуация будет следующей:

Код:
clip_2 : 2
clip_1 : 1
clip_3 : 0