В обработчике события (функции Step) проверяем e.target — это ссылка на нажатый клип.
Пробуйте что-то такое, или вариации:

Код AS3:
function Step(e:Event)
{
if(e.target==Cell1){
if (Player==1 && Cells[1]==0)
{
Cell1.gotoAndStop(2);
Player=2;
Cells[1]=1;
stage.addEventListener(Event.ENTER_FRAME,proverka);
}
if (Player==2 && Cells[1]==0)
{
Cell1.gotoAndStop(3);
Player=1;
Cells[1]=2;
stage.addEventListener(Event.ENTER_FRAME,proverka);
}
}
}
Тему надо было назвать хотя бы "Как сделать одну функцию мышки на разные клипы??? Нид хелп ребята гляньте плиз"