[Mur4ik]

Я тоже до сих пор не понимаю что в конечном итоге должен получится за движок.

Если это десктопное приложение, то есть варианты и их масса (AIR, Zinc, "местная" разработка расширяющая проектор и т.д. думаю к большинству из них можно прикрутить драг-н-дроп файлов юзеров)
В противном случае что мешает из того же флеша открыть диалог выбора нужного файла с компьютера пользователя. Если файлы тащатся откуда нибудь еще, то JS и ExternalInterface в помощь.

Как это всё уже хранить в swf и сохранять сам swf совсем другой вопрос (тоже решаемый несколькими способами).