Посмотрите в сторону
https://github.com/claus/as3swf/ - этим можно "на лету" создать/отредактировать swf
http://code.google.com/p/apparat/ - это может помочь в редактировании заготовленных шаблонов на сервере, например заменить/добавить/отредактировать некие экземпляры клипов.
Либо взять спецификацию формата swf и написать свою реализацию.
Либо по некоторому конфигурационному файлу собрать swf на сервере используя Flex SDK.
А вообще как то уникально делать делать проект и в конце "неожиданно" наткнуться на то о чем нужно было думать изначально
