[serafxx]

Исправил, не туда сразу щелкнул.

Я переписывал этот кусок) и долго отлаживал, но не нашел ничего.

Больше всего меня смущает разное поведение в разных браузерах..

Добавлено через 5 минут
как вообще после этого:

filesToUpload.push(..);

может не поменяться length!?

Добавлено через 6 часов 0 минут
Господа, неужели никто не поможет?

Добавлено через 45 часов 42 минуты
Разобрался.

Лажа была в вызове javascript:

ExternalInterface.call(
                "callback_addFile",
                event.target.fileList[i].name,
                event.target.fileList[i].size,
                event.target.fileList[i].type,
                event.target.fileList[i].creationDate.time,
                filesToUpload.length-1
            );

После вызываемая функция изменяла див в котором находится объект флеш (используя append из JQuery) и из-за этого происходило непонятно что.