[mooncar]

Погодите, а с чего бы это у вас при масштабировании страницы браузера не масштабируется флешка, даже если пиксели указать?
Открываем флешку, опубликованную любым способом, в браузере меняем масштаб, например, со 100% до 50% и флешка также уменьшается.
Покажите-как код. Как она там "поверх всего" лежит? Со всеми CSS, какие есть.
А еще лучше, ссылку дайте, иначе трата времени пустая.