Можно сделать так:

Код:
<div><a href="" ></a><SWF Object></div>
В css написать:

Код:
div {
position:relative;
width:500px /*к примеру*/
height:200px /*к примеру*/;
}
div a {
display:block;
position:absolute;
left:0px;
top:0px;
width:500px /*к примеру*/
height:200px /*к примеру*/;
}
По поводу width и height для тега "a" - эти параметры равны размера div, поскольку нужно чтобы ссылка перекрывала все его содержимое.
Ну и наконец для того чтобы ссылка была поверх SWF объекта нужно вписать wmode ="opaque" (еще возможно ссылке нужно указать в css z-index)