Какое отношение определение слова "эмуляция" имеет к внутреннему устройству эмуляторов? Где вы нашли противоречие во фразах, говорящих о совершенно разных вещах (придуманном вами байт-коде ресурсов и абсолютно конкретном исполняемом коде) - абсолютная загадка, как и ваша аналогия между переводом с языка на язык (нерешаемая программно задача) и простейшей интерпретацией.
Литературы на конкретную тему прикладной эмуляции приставок и прочего нет и быть не может, так как легальность этого дела под большим вопросом. Я, как и очень многие, начал с широко известного текста
How to write a computer emulator. Если интересует глубокая теория, в информатике это раздел виртуализации. В любом случае, для написания эмулятора надо очень хорошо знать устройство эмулируемой системы. Автор темы уже нашёл сайт, где есть вся необходимая информация. Но по второму его посту смутно понятно, что ему нужно готовое решение, которого не существует (за исключением собственно nesbox), поэтому вдаваться в детали просто не имеет смысла.