[BeDLiNt]

Флешка будет отправлять файл скрипту на сервере, чем вам удобнее его сохранять или обрабатывать если нужно тем и делайте. Хоть на php, хоть на перл, java и т.д. AIR Вам тут никак не поможет, разве только писать сервер на AIR? Ну это вообще помоему из ряда вон выходящее.