Конечно код после Alert.show будет выполняться сразу. Если вы хотите сделать какое-то действие после нажатия вам надо сделать слушатель события для Alert.
Код AS3:
Alert.show("message", "title", Alert.OK | Alert.CANCEL, this, alertHandler, null, Alert.OK);
...
protected function alertHandler(event:CloseEvent):void
{
if (event.detail == Alert.OK)
trace("ok");
}