[mooncar]

Используйте класс ExternalInterface. Знания JS там нужно совсем чуть-чуть, примеры EI + JS есть в хелпе. Я так вообще почти не знаю JS, примеров из хелпа оказалось вполне достаточно.

Итак, разбейте задачу:
1) Сначала научитесь просто останавливать воспроизведение плеера со HTML-страницы: пусть у вас JS функция, повешенная на HTML-кнопку, будет останавливать воспроизведение с помощью флешкиного кода. В коде для этого будет использоваться метод ExternalInterface.addCallback.
2) Когда этого удастся добиться во второй флешке, настроите другой метод, ExternalInterface.call, который будет "дергать" эту функцию JS из другой флешки.
3) Ну и когда и с этим справитесь, нужно использовать оба метода в каждом из плееров.

Задача не так сложна, как вы думаете. JS нужен лишь только для нахождения объекта с флешкой на странице и сообщения флешке, какую ее внутреннюю функцию нужно вызвать.