сложно точно понять, что же происходит.. но возможно во втором ролике стоит
Код AS1/AS2:
_root.gotoAndPlay(n)
соответственно, рут и переходит на нужный кадр. Если кадров в руте меньше, чем n, то остается на последнем. Соответственно, скрипт с gotoAndPlay прошел, ролик начинается сначала..
попробуйте в подгружаемом SWF на первом кадре прописать
Код AS1/AS2:
_lockroot=true.
Тогда при загрузке в MC рутом будет не реальный рут, а локальный рут подгружаемого клипа.