хм....вот примерчик У апликации не должны выставлятся width и height они выставляются ну например в панеле и тогда все ОК)))
Код AS3:
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<mx:Application xmlns:mx="http://www.adobe.com/2006/mxml" layout="absolute">
<mx:Panel layout="absolute" width="100%" height="100%">
</mx:Panel>
</mx:Application>