[DarkLight]

Какие именно?
Удобство программирования: для FMS язык программирования модифицированный AS1/javascript, нормальной среды разработки нет, есть только ее подобие от независимых разработчиков.
Wowza программируется на яве, получаем все вкусности ООП, большую аудиторию разработчиков. Для тех, кто переходит с FMS есть специальный документ, показывающий соответствие API FMS и Wowza. Есть среда от создателей движка на базе Eclipse, опять же. На стадии беты, но претензий к ней у меня нет.

Цена: неурезанный FMS стоит $4000, неурезанныя Wowza $1000. Ощутимая разница