Это особенность реализации альфы. Мы процентный доступ, а внутренняя реализация преобразует проценты в значения диапазона 0..255. Отсюда погрешность. Это нормально.

Код AS1/AS2:
var m = 256 / 100;
for (var i = 0; i < 101; i++) {
this._alpha = i;
var alpha = Math.floor (i * m) / m;
trace (i + " " + (this._alpha == alpha));
}