Хм, надо будет покопать с этими трансформациями.
Вообще copyTransform тупо берет this.transform - т.е. твоего Кубикаи делает:

Код AS3:
this.transform.n11 = matrix.n11;
this.transform.n12 = matrix.n12;
this.transform.n13 = matrix.n13;
this.transform.n14 = matrix.n14;
Т.е. матрица _lastTransform накладывается на Куб.
А вот calculateMultiply3x3 делает:

Код AS3:
this.transform.n11 = matrix.n11;
this.transform.n12 = matrix.n12;
this.transform.n13 = matrix.n13;
( this.transform.n14 - тут нет, это есть в calculateMultiply4x4. )
но перед этим
пересчитывает значения this.transform.n11 и т.д.
Может из-за этого пересчета происходит НЕИЗМЕНЕНИЕ Куба?
По идее, вроде клонирование Matrix3D parentContainer-ра должно только быть, т.е.
parentContainer изменил размеры и Куб изменился, но надо тестить.
Инфа по Revision 863.