[13dead]

Флэш хорошо конвертит в avi, если нет мувиклипов вложенных - их он конвертит статичными. Т.е. при простейшей анимации, можно просто в меню Export выбрать нужный формат и кодек. Но сталкивался с тем, что конвертация с некоторыми кодеками невозможна из-за соотношения размера сторон мультфильма, некторые кодеки требуют а-ля 4:3 и тп - может быть это и есть причина нежелания у вас конвертиться в mov

По поводу стороннего софта - не знаю как у других, у меня swf2avi некоторые проекты конвертировал, искажая звук - то пропадает, то один канал... больше понравилась софтина geovid Flash to Video Encoder - всё перековертировала без замечаний. Правда, я через неё конвертил в avi без сжатия, а потом уже VirtualDub`ом сжимал.