Если честно плохо понял, что вы выше написали. Поэтому отвечу еще раз на самое первое сообщение. Вручную ничего не вбивайте, если не надо. Выбрали файл во флэше -> записали если угодно название файла которого выбрали в переменную или вообще не записали, возьмете прямо из FileReference-> потом при аплоаде передали эту переменную вместе с файлом скрипту (н-р: fileRef.upload("uploadScript.php?newfilename="+fileRef.name)
-> сохраняете загруженный файл на сервере под новым именем, которое передали.