[Michaos]

Ага, спасибо за совет, и в правду, переменная i внутри функции никак не изменялась.
Решил проблему, вынеся тело цикла в отдельный метод MoveAllMovieClips с 2 входящими параметрами: MovieClip и счетчик.

private function ForCycle()
{
  var thisClip:Array = new Array(); // массив мувиков
  for(var i:Number = 1; i <= 3; i++)
  {
    MoveAllMovieClips(thisClip, i)
  }
}
private function MoveAllMovieClips(thisClip, i)
{
  var time:Number = 1;

  _root["intervalId" + i] = setInterval(
  function()
  {
    thisClip[i]._x += 2;
    if(thisClip[i]._x >= 10)
    {
      clearInterval(_root["intervalId" + i]);
    }
    updateAfterEvent();
  }
  , time);
}

И без всяких prototype-ов обошлось!