эээ... да, под каждую платформу отдельное исполнение приложения. как вариант. собственно, какие тут еще варианты? разные ос - разные исполняемые файлы сервиса. запускать соответственно нужный. мм-да. надо над этим подумать. чтобы переносить исполняемый код на разные ос можно изначально писать его на С, скажем.
впрочем, API для флэша однозначно будет кросс.
ну а если под винды только пока? сразу уж вам и кроссплатформенность подавай
.
хотя вопрос правильный, безусловно.