http://www.flashist.ru/2007/12/09/so...shared-object/
вот небольшой пример по SharedObject, может поможет.
Чисто технически нужно записывать в SharedObject какую-то переменную, которая будет true или false, и каждый раз при запуске флешки считывать её, если переменная false, то звук останавливать в самом начале, если true, то проигрывать. При отключении/включении звука перезаписывать переменную, а при загрузке флешки считывать её. Но может быть проблема не с переходами по сайту, а с тем, когда человек ушёл с сайта совсем и потом вернулся, если перед уходом он выключил звук, то и когда вернётся на сайт звук будет выключен.