[derhab]

можно выгнать из макса пнг-последовательность с прозрачностью, потом импортировать эту последовательность в афтерэффектс, а из него уже экспорт прямо в flv, с поддержкой альфаканала. Качество должно получиться отличным..ну то есть будет зависеть от настроек при экспорте в flv, как всегда компромисс между весом и качеством...