Простите дошло, может меня на озарение форум вдохновляет?
Все оказывается так просто:

Код HTML:
<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,29,0" width="100" height="70">
<param name="allowScriptAccess" value="sameDomain">
<param name="movie" value="logo1.swf">
<param name="wmode" value="transparent">
<param name="quality" value="high">
<embed src="logo1.swf" quality="high" wmode="transparent" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" type="application/x-shockwave-flash" width="100" height="70"></embed>
</object>
Вроде работает, но если видите ошибки напишите.
А вот еще вопрос, а в exe можно сделать прозрачный фон?