Я копирую черз Far, там есть опция копировать только новое и обновленное. То есть выбираешь все папку проекта, и ставишь эту галку. Он пропускает все не измененные файлы, тем самым копирую все быстро. Если взять за правило, сначал скопировать, потом использовать, то проблем нет.
Но опять же, у всех по разному. Я с буком из домы выхожу 3-4 раза за год, но как правило на 2-4 недели
А вот дома с ним часто перемещаюсь.